وظیفه اصلی سیستمهای پایگاه داده، پشتیبانی از تراکنشهای آنلاین و پردازش پرس و جو است. این سیستمها، سیستم پردازش تراکنش آنلاین (OLTP) نامیده میشوند و بیشتر عملیات روزمره یک سازمان را پوشش میدهند. از سوی دیگر انبار داده که به عنوان نوع خاصی از پایگاه های داده معرفی می شود به کاربران یا knowledge workers خدماتی در نقش تحلیلگر داده و تصمیم گیرنده ارائه میدهند. چنین سیستمهایی قادر هستند دادهها را در قالبهای گوناگون برای هماهنگی با نیازهای مختلف کاربران، سازماندهی کرده و ارائه دهند. این سیستمها با نام سیستمهای پردازش تحلیلی آنلاین نیز (OLAP) شناخته میشوند.
از لحاظ مدلهای دادهای؛ پایگاههای داده برای مدل OLTP بهینه سازی شده که بر اساس مدل داده رابطهای امکان پردازش تعداد زیادی تراکنش همروند، که اغلب حاوی رکوردهای اندکی هستند را دارد. اما در انبارهای داده که برای پردازش تحلیلی آنلاین طراحی شدهاند امکان پردازش تعداد کمی پرس و جو پیچیده بر روی تعداد بسیار زیادی رکورد داده فراهم میشود. سرورهای OLAP هم میتوانند رابطهای باشند ( ROLAP ) وهم میتوانند چندبعدی باشند (MOLAP ).
از لحاظ کاربران؛ کاربران پایگاه داده کارمندان دفتری و مسئولان می باشند در حالی که کاربران انبار داده مدیران و تصمیمگیرندهها هستند.
از لحاظ عملیات قابل اجرا بر روی آنها؛ عملیاتی که بر روی پایگاه دادها صورت میگیرد، عموماً شامل عملیات به هنگام سازی است در حالی که عمل خواندن از انبار، عمده عملیات قابل اجرا بر روی انبار داده را تشکیل میدهد.
از لحاظ مقدار دادهها؛ مقدار دادههای یک پایگاه داده در حدود چند مگابایت تا چند گیگابایت است در حالی که این مقدار در انبار داده در حدود چند گیگابایت تا چند ترابایت است.